鸟居龙藏在学术上的成就，表现于将考古学与人类学相结合;除了在日本国内从事考古工作外,还在西伯利亚东部、千岛群岛、库页岛、朝鲜及中国的内蒙古、东北、 云贵、 台湾等地进行调查发掘，研究东亚各民族、特别是少数民族的古代历史和文化，晚年致力于中国辽代文化的研究。他是最早对中国少数民族进行调查研究的日本学者。
他非常重视实地调查，在1895年以后的50余年间，曾到东西伯利亚、库页岛、千岛、朝鲜，以及中国的东北、西南和台湾、内蒙古等地进行考察，对当地各民族的历史、体质、语言、宗教、习俗作了详细记录，写出多种调查报告和专著。他在1896—1899年先后4次对台湾高山族进行调查，很多研究成果发表在《人类学杂志》上。
鸟居龙藏坚持历史与实际相结合的观点，重视通过考察古迹文物，广泛钻研中、日古文献，参阅英、法、德文有关资料并对风俗、习惯、语言、宗教等进行全面调查研究，对民族文化进行纵横分析。学术界认为他是日本对东亚民族的历史、文化、民俗进行调查研究的创始人，为民族学、人类学、考古学开拓了道路。他对中国民族所作的调查研究及所写出的调查报告，深为中国学术界所重视。他历任东京大学副教授、国学院大学教授、上智大学教授。
