清朝入主中原后，顺治二年(1645年)四月癸亥(十一日)，御史赵继鼎奏请纂修《明史》(注：赵继鼎奏请纂修《明史》的记载，见于《清世祖实录》卷15，何冠彪《顺治朝〈明史〉编纂考》一文首揭此事。但清廷何时决议纂修，尚无确切史料证实。
清代官书中亦不见有关纂修《明史》的诏令，《清世祖实录》中仅见几位总裁于顺治二年五月癸未的上奏，其中言，“臣等钦奉圣谕，总裁《明史》”，并提出副总裁及纂修人员名单。这种“钦奉圣谕”，很可能仅是早朝时的口头指示而已。以往论著称顺治二年五月“诏修《明史》”，表述确实有所不当，准确言之为：顺治二年五月，清廷组成《明史》的纂修人员。)，得到了清廷认可。
其后，大学士冯铨、李建泰、范文程、刚林、祁充格为总裁，操办此事。是年五月，由总裁提名副总裁和纂修官，并设收掌官七员，满字誊录十员，汉字誊录三十六员， 揭开了清朝官方纂修《明史》的序幕。康熙四年(公元1665年)，重开明史馆，因纂修《清世祖实录》而停止。康熙十八年(公元1679年)，以徐元文为监修，开始纂修明史。
于乾隆四年(公元1739年)最后定稿，进呈刊刻。《明史》是我国历史上官修史书中纂修时间最长的一部。如果从清顺治二年(1645年)开设明史馆起，到乾隆四年(1739年)正式由史官向皇帝进呈，前后历时九十四年。假如从康熙十八年(1679年)正式组织班子编写起至呈稿止，为时也有整整六十年之久。
