温病学派是吴门最具地方特色和科技优势的一大流派，从某种意义上讲是吴门医派主流。明清时期达鼎盛阶段，并在相当长的时期内，居世界科技领先的地位。
温病学派是中国明代末年以后，在南方逐渐兴起的，以研究外感温热病为中心的一个学术派别。明清之际，温疫流行猖獗，尤以江浙一带为著，且该地区气候溽暑，热病盛行，客观上促使江浙诸医家对温热病进行研究，并由此逐渐形成一个学派。
继明末清初吴有性著《瘟疫论》(1642)阐发疫病流行之特点、治疗之法当与《伤寒论》有所不同后，江浙地区又相继出现了一些相关的新理论与治疗方法。其共同特点是认为“温热病及瘟疫非伤寒”，故后人称其为“温病学派”，叶天士(1667—1746)乃其中的代表人物之一。
其后又有在学术上毫无门派之见的吴鞠通(1758—1836)，在全面研究上迄《素问》、张仲景，下至吴有性、叶天士的相关学说后，把温病传变与脏腑病机联系起来，提出将温病分为上焦(肺与心)、中焦(胃与脾)、下焦(肝与肾)三个阶段，即所谓“三焦辨证”的理论体系。
温病学派产生成熟于明清两代的我国南方地区有着其特殊的社会历史原因。
首先，明清两代由于城市的发展和人口的集中，流行性疾病成为了当时医学界面临的新问题。据有关文献统计，明代276年中大疫流行64次，清代266年中大疫流行74次，如明永乐六年，江西建昌，浙江杭州，福建建宁、绍武等地死者七万八千四百余人，由于传统的伤寒法治这些瘟疫效果并不理想，这使当时的医家不得不寻找新的出路来治疗这些瘟疫，这便为温病学说的产生创造的积极的条件。
另外，温病学派产生于我国南方地区也和中国南方特殊的地理环境有关，中国南方特别是江南地区湖河渚泊，地处卑湿，水资源丰富，一年四季气候分明，较之北方多温，这也造成了江南多温病的自然条件。这也使江南医家有了更多的治疗温病的实践机会，这也是温病学派产生于中国南方特别是江南地区的一个重要原因。
除此以外，前代医家的不断探索也为温病学派的产生奠定了坚实的理论和实践基础。在这些原因的共同作用下温病学派也就应运而生了。
吴有性所处的时代，是明朝末年，当时政治腐败，清兵入侵，瘟疫大流行，人民生活极度困苦。据《吴江县志》载：“一巷百余家，无一家仅免;一门数十口，无一口仅存。”吴有性目睹当时的惨状，深有感慨地说：“守古法不合今病……医者徬徨无错，病者日进危笃，病愈急，投药愈乱。不死于病，乃死于医……”他痛心忧虑，感到一个医生的责任重大，为了治病救人，他全力投入到传染病的治疗中，不顾个人安危，深入疫区，进行细致观察和比较。他在六十岁时将自己平生治疗温病的心得体会和经验编著了一部论述传染病学的重要著作《瘟疫论》，取得了创造性的成就，充实了中医理论中关于传染病的内容，在中国医学史上写下了光辉的一页。
