阿伊努在明治时期以后受到了严重的制度化歧视。1868年，江户幕府的末代将军德川庆喜把国家大政奉还给明治天皇，日本历史上的明治时期正式展开。1869年，明治天皇迁都江户，并将新都改名为东京。同年，在没有任何正式协商的情况下，阿伊努人所居住的“虾夷”被正式纳入日本的行政范围内，同时也被改名为“北海道”。再一年，现代的户口登记制度在北海道正式实行，所有的阿伊努人从那时候起在行政上都成了日本人。在这之后，日本政府不但没收阿伊努人的土地，同时还将这些土地拨给新迁入的日本移民，以便鼓励这些新移民对北海道的开拓工作。过了没多久，北海道的人口就超过了100万人，该地的原住民阿伊努人在自己的土地上反而成了少数民族。
明治时期的日本政府，对阿伊努人进行种种的同化，阿伊努民族长期以来的生活习惯都受到官方的禁止，成为和人眼中的“旧土人”，被迫强行接受日本人的生活习惯。1899年，日本政府制定“北海道旧土人保护法”，其表面上的目的虽然是为了救济阿伊努人和传授农业知识，但是在将他们定义为“旧土人”的同时，却也造成了对阿伊努人的制度化歧视，将他们刻意与“和人”做区别。
1899年颁布的《北海道土著保护法案》，将明治时代对阿伊努的歧视正式合法化，否认了阿伊努的土地所有权，并授予北海道地方官以管理阿伊努公共资金的全权，阿伊努由此开始依附于日本国的社会福利。后来法案虽修改过几次，但很多阿伊努人仍然对其表示反对，法案的标题用“kyudo-jin”(意为“泥土”或“土地”之人)来形容阿伊努人，招致直接的批评，造成的后果是，很多阿伊努的后代由于害怕在住房，上学和就业上遭受歧视，隐藏起少数民族身份。据估计共有约10万阿伊努人，其中仅有2.5万人公开承认自己的身份。
20世纪80年代，阿伊努各族群提出废止这一法案的要求，1998年日本政府用一部新的法案取而代之，新法案规定，政府资金将用于阿伊努研究，阿伊努语言文化的推广，以及改善学校中阿伊努的传统教育。
