万历亲政之初，朝堂局势早已陷入紧绷的对立状态。一方面，张居正病逝后，朝野掀起对其新政的全面清算，改革派官员被大量清洗，言官势力迅速膨胀，动辄以道德名义抨击朝堂重臣；另一方面，年轻的万历皇帝试图亲掌大权，却频频与文官集团在储位、人事、礼制等问题上爆发冲突，君臣之间猜忌日深，朝堂上下党同伐异，行政运转几乎陷入停滞。正是在这样的危局之下，申时行接任内阁首辅，开启了以调和对立、维稳大局为核心的执政历程。
申时行调和矛盾的核心思路，是在君臣之间搭建弹性的沟通缓冲带。他一改此前强硬对抗的执政风格，既不纵容言官集团对皇帝的无度攻讦，也不支持皇帝完全凭个人意愿打破朝堂规则。针对万历皇帝不愿轻易临朝、不愿直接面对群臣的情况，他简化奏疏流转流程，将许多容易引发激烈争议的事务先在内阁内部协商出稳妥方案，再呈送皇帝定夺，同时又将皇帝的真实意图用文官集团更容易接受的方式向下传递，避免君臣因信息错位爆发直接冲突，让一度剑拔弩张的君臣关系得到明显缓和。
在处理朝堂派系对立的问题上，申时行始终秉持“不立敌、不结党”的原则。他既不全面推翻张居正留下的合理改革成果，也不纵容反对势力对新政进行全盘否定，对双方的极端言论都加以适当约束，尽可能将不同派系的官员拉回到务实行政的轨道上。对于言官的过激弹劾，他从不轻易动用皇权进行打压，也不随意附和舆论牺牲重臣，而是尽可能从中斡旋调停，避免朝堂因派系斗争陷入无休止的内耗，让万历初年动荡的政局逐步回归平稳。
申时行的调和施政，在后世评价中始终充满争议。他的“和稀泥”风格没能从根本上解决明代皇权与文官集团的制度性矛盾，在万历年间的国本之争中，他最终也没能顶住双方的压力被迫去职，但他在任的数年间，成功避免了朝堂矛盾走向彻底决裂，为万历中期的社会经济发展争取到了难得的稳定环境。这种以务实维稳为核心的执政思路，虽没有轰轰烈烈的改革功绩，却在特殊的时代背景下，成为维系明代中后期朝堂秩序的关键支撑。
