由于海军衙门档案早已佚失，颐和园与海军经费的关系实难武断。但通过各种奏折材料，人们依然可以找到一些线索。近年来，一些研究者通过细心考证，统计核算，对挪款问题提出了新的看法。虽未最终定论，却比稗史口碑距真相更为接近。
颐和园工程究竟挪用了多少海军经费？目前能确凿断定的有如下几项：光绪十四年挪用海军衙门经费45.75万余两；从光绪十五年起，每年从海军经费中挪银30万两（至光绪二十年共180万两）；光绪十三年至二十年克扣南北洋将士员弁薪粮及东三省练兵军饷平余银共80万两；光绪十七年八月挪用出使经费100万两，由海军存津款项生息归还。
总计约400万两。另据统计，新海防捐（清政府以海防为名，开捐鬻官）被挪至园工的，总数在350万两以上，这些数据虽不能揽括全部，但从奏折内容排比分析，似乎不会遗漏很多。据此推断，海军经费挪用总数，不会多于1000万两。
有人进一步提出，颐和园工款来源渠道很多，据萧一山《清代通史》所述，就动用户部杂款700余万两，土药（内地产鸦片烟）税1000余万两等等。光绪十四年前未发现海军大宗挪款的记载。而园工的主要部分已初具规模，也是重要的旁证。由于工程是由海军衙门大臣奕譞、奕劻主持，所以给人以海军衙门即为颐和园工程处的印象。认为园工全系挪用海军经费则不对的。所谓动款3000万两，可能是整个工程的全部费用。
有人试图从海军历年经费支出的角度来反证挪款问题，北洋海军光绪元年至二十年间，共支银2130余万两，从未间断，另外，历次购买舰支银800余万两。仅仅为建立并维持北洋海军，清政府就耗资3000万两。从历年筹款过程可知，海军经费会集是十分困难的，而海军衙门还要负责南洋海军经费，并每年拨款百万以充东北练饷。在财源十分拮据的情况下，从光绪十四年至二十年间，还要另外再筹3000万两（即每年400万两）去建造颐和园，是不可想象的。
有的研究者认为，颐和园营建中确实挪用了部分海军经费，但海军发展受阻不能完全归咎于颐和国工程。光绪帝婚礼耗资突破预算竟达500万两，户部又因黄河决口，拨郑州河工600万两，山东河工200万两……
经费窘迫，可想而知。光绪十四年后，朝野普遍认为北洋海军已经成军，出于多种因素，户部十七年决定南北洋海军停购外洋军火两年。不能撇开全国财经状况，把海军停止扩充仅仅归结为慈禧私人的纵欲享受。
颐和园工程与海军经费的关系究竟如何，还有待于人们进一步弄清。
